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在所有RNA實(shí)驗(yàn)中,最關(guān)鍵的因素是分離得到全長(zhǎng)的RNA。而實(shí)驗(yàn)失敗的主要原因是核糖核酸酶(RNA酶)的污染。由于RNA酶廣泛存在而穩(wěn)定,一般反應(yīng)不需要輔助因子。因而RNA制劑中只要存在少量的RNA酶就會(huì)引起RNA在制備與分析過(guò)程中的降解,而所制備的RNA的純度和完整性又可直接影響RNA分析的結(jié)果,所以RNA的制備與分析操作難度極大。
在實(shí)驗(yàn)中,一方面要嚴(yán)格控制外源性RNA酶的污染;另一方面要最大限度地抑制內(nèi)源性的RNA酶。RNA酶可耐受多種處理而不被滅活,如煮沸、高壓滅菌等。
外源性的RNA酶存在于操作人員的手汗、唾液等,也可存在于灰塵中。在其它分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中使用的RNA酶也會(huì)造成污染。這些外源性的RNA酶可污染器械、玻璃制品、塑料制品、電泳槽、研究人員的手及各種試劑。而各種組織和細(xì)胞中則含有大量?jī)?nèi)源性的RNA酶。接下來(lái),一起來(lái)跟小源學(xué)習(xí)防止RNA酶污染方法及注意事項(xiàng)總結(jié)。
防止RNA酶污染的措施
1. 所有的玻璃器皿均應(yīng)在使用前于180℃的高溫下干烤6hr或更長(zhǎng)時(shí)間。
2. 塑料器皿可用0.1% DEPC水浸泡或用氯仿沖洗(注意:有機(jī)玻璃器具因可被氯仿腐蝕,故不能使用)。
3. 有機(jī)玻璃的電泳槽等,可先用去污劑洗滌,雙蒸水沖洗,乙醇干燥,再浸泡在3% H2O2 室溫10min,然后用0.1% DEPC水沖洗,晾干。
4. 配制的溶液應(yīng)盡可能的用0.1% DEPC,在37℃處理12hr以上。然后用高壓滅菌除去殘留的DEPC。不能高壓滅菌的試劑,應(yīng)當(dāng)用DEPC處理過(guò)的無(wú)菌雙蒸水配制,然后經(jīng)0.22μm濾膜過(guò)濾除菌。
RNA酶抑制劑
1. 焦磷酸二乙酯(DEPC):是一種強(qiáng)烈但不che底的RNA酶抑制劑。它通過(guò)和RNA酶的活性基團(tuán)組氨酸的咪唑環(huán)結(jié)合使蛋白質(zhì)變性,從而抑制酶的活性。
2. 異硫氰酸胍:目前被認(rèn)為是有效的RNA酶抑制劑,它在裂解組織的同時(shí)也使RNA酶失活。它既可破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)使核酸從核蛋白中解離出來(lái),又對(duì)RNA酶有強(qiáng)烈的變性作用。
3. 氧釩核糖核苷復(fù)合物:由氧化釩離子和核苷形成的復(fù)合物,它和RNA酶結(jié)合形成過(guò)渡態(tài)類物質(zhì),幾乎能抑制RNA酶的活性。
4. RNA酶的蛋白抑制劑(RNasin):從大鼠肝或人胎盤(pán)中提取得來(lái)的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一種非競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑,可以和多種RNA酶結(jié)合,使其失活。
5. 其它:SDS、尿素、硅藻土等對(duì)RNA酶也有一定抑制作用。
注意事項(xiàng)
1.做RT前必需測(cè)RNA濃度,逆轉(zhuǎn)錄體系對(duì)RNA量還是有一些要求,常用500ng或1ug。
2. RT按要求做,一般不會(huì)出太大問(wèn)題。
3. PCR,按常規(guī)。但如需擴(kuò)長(zhǎng)片段,則對(duì)前兩步要求較高,需要有完整的cDNA存在,不是單改變Mg2 濃度、退火溫度能解決的。
本文內(nèi)容:防止RNA酶污染方法及注意事項(xiàng)總結(jié),祝您實(shí)驗(yàn)成功~